Bảo tàng Lịch sử Tự nhiên Mê Kông (MNHM) lần đầu tiên được công bố trong Kế hoạch Hành động của Ủy ban hợp tác KH&CN Việt Nam (JCM) 2013-2015 (4. Khoa học Bảo tồn, phần 4.5), và được cập nhật bằng Thư đề nghị (LoI) ký ngày 23 Tháng 5 năm 2016, do bốn bên: Đại sứ quán Hoa Kỳ tại Việt Nam đại diện cho Bộ Ngoại giao Hoa Kỳ, Cơ quan Khảo sát Địa chất Hoa Kỳ (USGS), Smithsonian và Đại học Cantho (CTU) của Việt Nam.

Để theo đuổi mục tiêu này, Đại học Cần Thơ đã hỗ trợ thành lập một tổ chức Phi chính phủ, lấy tên là Quỹ Hỗ trợ Nghiên cứu và Bảo tồn Mekong (MCF), MCF đã đăng ký tại Việt Nam và nhận được giấy phép vào năm 2018.

Cho đến nay, CTU / MCF đã kết nối mạng lưới 14 trường Đại học tại Đồng bằng sông Cửu Long của Việt Nam, 20 trường Đại học khu vực sông Mê Kông bao phủ toàn bộ sáu quốc gia Trung Quốc, Myanmar, Thái Lan, CHDCND Lào, Campuchia và Việt Nam. Ngoài ra còn có 4 trường đại học tại Hoa Kỳ tham gia vào mạng lưới. Với hàng trăm nhà khoa học từ USGS, NOAA và các trường Đại học trong Mạng lưới, đứng đầu là CTU và MCF, dữ liệu và thông tin về Địa chất, Đất, Thủy văn, Đa dạng sinh học, Lịch sử sử dụng đất, Kinh nghiệm truyền thống và Văn hóa bản địa đang được các chương trình thu thập/quản lý. Tất cả các chi phí cho dữ liệu và thông tin tổng hợp được tài trợ bởi các khu vực tư nhân.

Trong quá trình thu thập dữ liệu và thông tin, CTU / MCF cũng đang làm việc trên một nền tảng bảo tàng ảo. Chúng tôi cũng đang thảo luận với Chính quyền thành phố Cần Thơ về vị trí đất của Bảo tàng Lịch sử Tự nhiên Mekong.